В скриптах лучше указывать полный путь к программам и файлам. Не факт, что в момент запуска скрипта, особенно внешней командой, будут установлены нужные переменные окружения, в частности PATH.
Попробуйте заменить rsync на /usr/bin/rsync, а php на /usr/bin/php. У вас они могут быть установлены в другие каталоги, посмотреть можно командой which rsync.
