Надо включить поддержку регистронезависимости при создании файловой системы
mkfs -t ext4 -O casefold /dev/диск
или позднее
umount /dev/диск
tune2fs -O casefold /dev/диск
mount /dev/диск
Затем установить у нужного каталога атрибут регистронезависимости
chattr +F /путь/к/каталогу 
