.strictEqual(actual, expected, [message])
Asserts strict equality (===) of actual and expected.
[1, 2, 3] === [1, 2, 3] // false
И это вполне логично, поскольку хоть массивы и содержат одинаковый набор значений, это разные объекты.
Вам нужно делать сравнение либо через deepEqual, если порядок элементов имеет значение, либо через кастомную функцию, если порядок значения не имеет.