Rsa97

Можно. Но цена такой "пайки" будет на порядок-другой выше, чем цена новой флешки двойного объёма.

Любое стандартное использование флеш-диска тут не годится, если программу можно запустить с диска, то её можно и прочитать. Если нельзя прочитать, то нельзя и запустить.
Разве что сделать микрокомпьютер, на котором будет работать сервер приложения, а с диска только запускать внешний интерфейс, обменивающийся с сервером по USB.

Достаньте флешку из порта и вставьте снова. В терминале выполните команду
dmesg | tail -20
Найдите имя устройства. Если других дисков кроме системного нет, то скорее всего это будет sdb. Ну а дальше запускайте gparted от root'а и размечайте флешку как хотите.
sudo gparted /dev/sdb