База кривовата.
SELECT * FROM geodata._cities WHERE `country_id` = 1 AND `region_id` IS NULL;
Получаем 230 строк с кучей ненужных вариантов.
SELECT * FROM geodata._cities WHERE `country_id` = 1 AND `region_ru` IS NULL;
Получаем 39 строк с кучей ненужных вариантов.
SELECT * FROM geodata._cities WHERE `country_id` = 1 AND `region_ru` IS NULL AND `region_id` IS NULL;
Получаем
+-------------------------------+---------+------------------------------+
| title_ru | area_ru | title_ru |
+-------------------------------+---------+------------------------------+
| Москва | NULL | Москва |
| Девяткино, Ленинградская обл. | NULL | Девяткино,Ленинградская обл. |
| Санкт-Петербург | NULL | Санкт-Петербург |
+-------------------------------+---------+------------------------------+