Rsa97

Для существования FOREIGN KEY необходим индекс, начинающийся с соответствующего ссылочного поля и идущий в том же порядке. Так что `fk_var_locale_vars1_idx` Вы удалить не сможете. Кроме того, учитывайте, что составной индекс сортируется сначала по первому полю, при равных значениях первого поля - по второму и т.д. То есть отдельно по второму полю составной индекс не работает.

Добавьте поле `updated` TINYINT(1), добавьте UNIQUE KEY (`user_id`, `obj_id`).
Перед изменением сбрасываем отметку:

UPDATE `table` SET `updated` = 0 WHERE `user_id` = $uid

При изменении отмечаем добавленные/дублированные записи:

INSERT INTO `table` (`user_id`, `obj_id`, `updated`) VALUES ($uid, $oid, 1)
    ON DUPLICATE KEY UPDATE `updated` = 1

После изменения удаляем неотмеченные записи:

DELETE FROM `table` WHERE `user_id` = $uid AND `updated` = 0

Проверьте на BOM

Если количество родителей непостоянно, то в одну строку не получится. Для nested set выбор всей ветки узла по id узла:

SELECT @left_key := `left_key`, @right_key := `right_key` 
    FROM `tree` 
    WHERE `id` = $id;
SELECT * 
    FROM `tree` 
    WHERE `left_key` <= @left_key AND `right_key` >= @right_key 
    ORDER BY `left_key`;

SELECT * FROM `table`
    WHERE `one` BETWEEN {$start} AND {$end} 
        OR {$start} BETWEEN `one` AND `two`

Нужны кабинеты, полностью свободные на весь заданный интервал? Тогда так:

SELECT `c`.`name`
    FROM `cabinets` AS `c`
    WHERE `c`.`id` NOT IN (
        SELECT DISTINCT `b`.`cabinet_id`
            FROM `busy` AS `b` 
            WHERE `b`.`date_start` BETWEEN {$s} AND {$e} 
                OR {$s} BETWEEN `b`.`date_start` AND `b`.`date_end`
    )

Связь таблиц один-к-одному? Тогда грамотно будет держать всё в одной таблице. А так запрос нормально составлен.

FK потому и F (foreign - внешний), что указывает на другую таблицу. То есть в одной таблице у Вас должен быть ID и всё, что привязано только к ID, в другой таблице - IP, всё, что связано с IP и ключ, привязывающий IP к ID. Надо ли делать связь IP и MAC - непонятно, тем более, что MAC можно получить только в локальной сети.
ID+1 - атрибут AUTO_INCREMENT

SELECT `ui`.`id` AS `image_id`,
       `ui`.`user_id` AS `user_id`, 
       `ui`.`create_date` AS `image_create_date`,
       `ui`.`name` AS `image_name`,
       `ui`.`title` AS `image_title`,
       `ui`.`descr` AS `image_descr`,
       `ui`.`views` AS `image_views`,
       `ui`.`plus` AS `image_plus`,
       `ui`.`minus` AS `image_minus`,
       `bu`.`first_name` AS `user_first_name`,
       `bu`.`last_name` AS `user_last_name`,
       `bu`.`photo` AS `user_photo`,
       COUNT(`c`.`id`) AS  `com_cnt`
    FROM `user_images` AS `ui`
    LEFT JOIN `bpl_users` AS `bu` ON `bu`.`id` = `ui`.`user_id`
    LEFT JOIN `comments` AS `c` ON `c`.`image_id` = `ui`.`id`
    GROUP BY `ui`.`id`
    ORDER BY `ui`.`create_date` DESC LIMIT 9

и добавтье в схему индекс

CREATE INDEX `image_id_idx` ON `comments` (`image_id`);

JOIN, INNER JOIN и CROSS JOIN в случае MySQL синтаксически эквивалентны.