Rsa97

WHERE '{$date}' BETWEEN DATE(`ed`.`date_start`) 
                AND DATE(`ed`.`date_end`)

`meta_value` = 1566

А записи точно дублируются? Для VARCHAR учтите, что 'А' != 'A' (русская и английская) и 'A ' != 'A' (пробел не виден при просмотре, но учитывается при сравнении).

SELECT DISTINCT `c`.`id`
  FROM `Category` AS `c`
  LEFT JOIN (
    SELECT DISTINCT `c1`.`id` AS `id`
      FROM  `Category` AS `c1`
      LEFT JOIN `Special` AS `s1` ON `s1`.`Product_id` = `c1`.`Product_id`
      WHERE `s1`.`Product_id` IS NULL
  ) AS `s` ON `s`.`id` = `c`.`id`
  WHERE `s`.`id` IS NULL

Используйте подготовленные запросы mysqli или PDO, ничего пропадать не будет.

По каждому товару находите shop_id и price для тех магазинов, где есть достаточное количество товара, затем находите пересечение (JOIN) этих магазинов. Получившуюся таблицу сортируете по стоимости. Так как число товаров может быть разным, то запрос надо строить каждый раз из фрагментов. В результате должно получиться что-то вроде

SELECT `s`.`id`, `s`.`name`
  FROM `shops` AS `s`
    JOIN `residues` AS `r1` 
      ON `r1`.`shop_id` = `s`.`id` AND `r1`.`good_id` = 1 AND `r1`.`quantity` >= 2
    JOIN `residues` AS `r2` 
      ON `r2`.`shop_id` = `s`.`id` AND `r2`.`good_id` = 5 AND `r2`.`quantity` >= 1
    ORDER BY `r1`.`price`*2+`r2`.`price*1

WHERE `timestamp2` = `timestamp1`+1

Id будет уникальным, как ему и положено. Он резервируется через мьютекс и если INSERT не удался, то этот id будет пропущен.

LEFT JOIN выбирает все записи из левой таблицы и соответствующие им из правой. Так что либо используйте RIGHT JOIN, либо поменяйте порядок соединения таблиц.