Rsa97

Уникальный составной ключ (`host`, `hash`) и INSERT ... ON DUPLICATE KEY UPDATE.

На сколько просто прочитать данные в БД, если имеешь к ней физический доступ?

Очень просто.

Какой уровень подготовки специалиста (пользователя) для этого нужен?

Минимальный.

Есть варианты значительно усложнить задачу чтения данных (может шифрование или что-то другое)?

Шифрование на уровне тома (диска), например Bitlocker или TrueCrypt.

https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/order-by-o...

In some cases, MySQL cannot use indexes to resolve the ORDER BY, although it may still use indexes to find the rows that match the WHERE clause. Examples:
- There is an index on only a prefix of a column named in the ORDER BY clause. In this case, the index cannot be used to fully resolve the sort order. For example, if only the first 10 bytes of a CHAR(20) column are indexed, the index cannot distinguish values past the 10th byte and a filesort is needed.

Так при группировке сортировка внутреннего запроса и не обязана сохраняться. А в MySQL 5.7.5 и выше с настройками по умолчанию такой запрос вообще выдаст ошибку, в запросах с группировкой по стандарту можно запрашивать только поля, входящие в GROUP BY или результаты агрегатных функций.

DELETE `ud`.*
  FROM `userdata` AS `ud`
  JOIN `ufields` AS `uf` 
    ON `ud`.`dataId` = CONCAT('ufi', `uf`.`dbIncrement`) 
    AND `uf`.`podvedId` = 'val' 
    AND `uf`.`formId` = 'val' 
    AND `uf`.`parentContainerId` = 'val' 
    AND (`uf`.`descriptor_y` = 'val' OR `uf`.`descriptor_y` = 'val')

Ничего страшного в utf8mb4 нет, просто будет резервироваться не три, а четыре байта под символ, что позволяет закодировать все 0x110000 символов Unicode.
А по ошибке - проверьте кодировку самой базы, таблиц и полей.