Когда я впервые столкнулся с такой же проблемой (все требования соблюдены, но в вебмастере было оповещение об отсутствии Favicon), я написал в тех. поддержку Яндекса, на что Платон Щукин ответил:

Сообщение в Вебмастере показывается, так как фавиконки еще нет в поиске. Вебмастер проверяет ее наличие в актуальной базе, а не на сайте. Робот обошел вашу фавиконку, и она загружена в новую версию базы, но Вебмастер еще ее не видит. Вскоре после того как база обновится, фавиконка попадет в поиск, а сообщение исчезнет.

• Для любых сайтов для рунета лучше всего .ru.
  
• Для информационных сайтов - любая, но лучше не национальная доменная зона.
  
• Для коммерческих сайтов, продвигаемых по геозависимым запросам, лучше соответствующая национальная доменная зона.
  

Объём HTML-кода не страшен, а вот количество ссылок.. около 2000 ссылок в меню? o_O