Способ не единственный, часто используется в проф. темах. Если много настрое связных со стилями сайта (цвета, фоны, шрифты и т.п.) то можно использовать например
Redux Framework или в pro версии
ACF есть возможность сделать страницу с опциями. И создаем динамический css файл (пример style-theme.css), в который и будут записываться все изменения в стилях. А что бы избавиться от лишних запросов к БД сохраняем изменения, только если обновились настройки в нашей теме. Для acf придется добавить немного кода, решения можно найти по запросу в гугле
acf dynamics css или в Redux'е немного попроще
тык