Вопрос как раз именно в том, как _удалить_ новые теги\свойства, т.к. изменения именно _эволюционные_ (добавлено 1-2 свойства на минорную версию), а не революционные, как в Вашем примере.
Соответственно, требуется название\ссылка на инструмент, позволяющий создать XSLT из 2х dtd, и применить полученный результат к файлу xml.