Могу посоветовать неплохую книгу Дэвида Хеффельфингера "Java EE 6 и сервер приложений GlassFish 6". В ней нет привязки к определенной IDE, но на мой взгляд это даже плюс.
книга на амазоне
Есть также русская версия книги.