Ни как. Ваше приложение не потяжелело на 200мб, у вашего приложение зависимости на 200мб.
Не нужно таскать эти зависимости с собой, это не нормально.
Указываете их в requirements.txt или setup.cfg. Конечный пользователь должен использовать
pip install -r requirements.txt
или при setup.cfg что-то типа
pip install .
Все зависимости соответственно будут скачаны... Это нормальная практика.
Если вы хотите получить реально монолитное приложение (один файл), то размер будет приличный все равно ~50Мб. Но в этом случаи нужно проделать много работы.
Вот пример на базе AppImage+PyQt5:
https://github.com/spesmilo/electrum/tree/master/c...
Они самостоятельно удаляют из сборки ненужные файлы.
