Ни как. Ваше приложение не потяжелело на 200мб, у вашего приложение зависимости на 200мб.

Не нужно таскать эти зависимости с собой, это не нормально.
Указываете их в requirements.txt или setup.cfg. Конечный пользователь должен использовать pip install -r requirements.txt
или при setup.cfg что-то типа pip install .
Все зависимости соответственно будут скачаны... Это нормальная практика.

Если вы хотите получить реально монолитное приложение (один файл), то размер будет приличный все равно ~50Мб. Но в этом случаи нужно проделать много работы.

Вот пример на базе AppImage+PyQt5: https://github.com/spesmilo/electrum/tree/master/c...
Они самостоятельно удаляют из сборки ненужные файлы.

Это возможно, но это очень трудоемкий процесс зависящий от текущей разметки разделов, и наверняка не получится с первого раза без опыта... Полные инструкции потребуют очень много текста.

Нужно править и grub/lilo и fstab и crypttab и lvm указывая новые пути до разделов и прочие сопутствующие параметры...

Наверное вам будет проще поставить ос с нуля.