я у себя взял домен, на котором работает панель, завел его в ispmanager, выдал сертификат, потом пошел в /usr/local/mrg5 и файлы сертификатов слинковал на выданные в панели.
Теперь сертификат автоматически перевыдается, максимум что иногда надо сделать - это рестартовать ihttpd, который собсно вебсервером самой панели и является.
