Кстати встречаются 3Д-редакторы онлайн
как этот например
tinkercad.com
там можно вашу молекулу нарисовать и покрутить и покрасить
и даже сохранить работу в личном кабинете
Сейчас часто используют three.js для создания 3D в вэбе.
Но, боюсь, придется очень много учить.
Я не знаю какая именно у вас задача, но возможно вам легче будет освоить какой нибудь 3D-редактор?
Maya или 3DMax или Blender
Для создания таких примитивных форм как сфера или цилиндр там много знать не нужно.
Ваша проблема решается скриптом.
При нажатии на кнопку скрипт добавляет ей класс "active", например.
+ прописываете нужный бекграунд для вашей кнопки с классом active.
