composer и psr-4 (или psr-0). Пора идти в ногу со временем.
Поясню, вам никто не мешает использовать composer, достаточно просто один раз сгенерировать загрузчик, либо посмотореть как это реализовано там. Без spl_autoload_register не обойтись, так как spl_autoload будет искать только в include директориях и не более того. Он не будет учитывать namespace.
