Имхо, есть два подхода — либо анализ по функциональным точкам (правда, там режим полуручной получится), либо использование средств, основанных на алгоритмических моделях, типа SEER-SEM. COCOMO II для задач с одноразовыми исполнителями плохо калибруется, как и полагается эмпирической модели.
