Radriga

Посмотрите в логи:
/var/log/syslog
/var/log/messages
Если систему зависание отпускает — сразу глядите в dmesg

Также посмотрите смартом на жесткий диск: smartctl -a /dev/sdX, где X — имя диска. Если имеются пендинги (Current_pending_sector), то дела плохи

Ситуация малоприятная, но терпимая.
Возьмите больше информации с помощью smartmontools: sourceforge.net/apps/trac/smartmontools/wiki

Обратите внимание на параметры: Reallocated_Sector_Ct, Power_On_Hours, Current_Pending_Sector

Reallocated_Sector_Ct — количество секторов, которое было переназначено в резервную обрасть. Если значение растет — значит диск посыпался и его нужно срочно менять.
Power_On_Hours — и так понятно. Время, которое диск «налетал»
Current_Pending_Sector — количество серверов, которые диск обозначил как нечитаемые. Диск не смог прочесть данные с конкретного сектора и позначил его сбойным. При записи в него «пендинг» может уйти и сектор вновь станет читаемым, либо диск его переназначит в резервную область (Reallocated_Sector_Ct)

Достаточно указать эти три параметра в качестве причины, чтобы саппорт провел замену диска.
Для замены диска укажите модель, серийный номер и возможный номер корзины (в которую диск установлен). Серийник и модель получите из smartmontools, хотя они у Вас уже есть.

Важный момент
Перед тем, как отписывать диск на замену, проверьте второй диск в зеркале. Главное условие для успешного билда с новым хардом — отсутствие пендингов на «оригинальном» диске. Если пендинги присутствуют — позаботьтесь о резервной копии.

В целом все

Сложно судить с топа.
Если хотите посмотреть чем конкретно заняты данные процессы апача, используйте mod_statys (http://httpd.apache.org/docs/2.2/mod/mod_status.html), ориентируйтесь по pid'ам
Вполне вероятно что серьезную нагрузку на диски дают соседние ноды на вдсмастере… Больше информации о дисковой нагрузке можете получить с помощью iostat / gstat

В первую очередь — обновите Wordpress и все его модули. Поменяйте пароли к серверу. Сохраните логи веб-сервера, ftp демона, auth.log (ssh логины)
Во вторых — смотрите более внимательней в логи веб-сервера. достаньте нужную информацию. А именно — попытки залить веб-шелл. Ориентироваться можете по времени создания/изменения файлв веб-шелла
В третьих — «нужную» вырезку из логов отправьте в качестве абузы. Куда слать — найдете информацию во whois'e по ипу. Смотрите на технические / abuse контакты.
В четвертых — в копию письма-абузы поставьте полицию страны, которой принадлежит ип. Это ускорит рассмотрение абузы
— Дальше импровизируйте

Возможно, я покажусь К.О., но не хватает утилиты grep
если у Вас используется пакетный менеджер ipkg, то сделайте ipkg install grep

Оперативной памяти хватит, чтобы разместить архив на рамдиске?