RPG

Очень похоже, что скрипт вылетает. Причин может быть несколько:
- банально не хватает памяти интерпретатору - попробуйте увеличить лимит ОЗУ для php. Ставлю на данный вариант, если файл 1.jpg довольно большой (в пикселях), скажем, это фотография. Попробуйте мелкую картинку открыть - если работает - причина в нехватке памяти
- ошибки на уровне библиотеки jpeg/imagemagick - в таком случае нужно их обновить или откатить обновление, если такое было
- на машине закончились ресурсы и скрипт был прибит по таймауту. На виртуальных серверах недобросовестные хостеры размещают тысячи сайтов, поэтому сервер может быть просто перегружен

convert -auto-level in.png out.png

Опция -auto-level есть только в более-менее современных версиях ImageMagick. Можно ещё с -auto-gamma поиграться.

В CentOS очень старая версия ImageMagick, не исключено, что проблемы именно из-за этого. Браузер - не показатель, так как движок SVG у него свой. В Win8 наверняка версия новее - сравните версии программ.

Выхода два.
* Найти RPM-ку с обновлённой версией ImageMagick под CentOS или скомпилировать последнюю версию вручную. С виртуальным хостингом, правда, не сработает - вам просто не дадут обновить софт на сервере.
* Задействовать другую программу, поддерживающую SVG, например, Inkscape.

P. S. Ну и SVG на 5 мегабайт - это перебор. Если у вас виртуальный/выделенный сервер - может быть такое, что ему просто не хватило памяти. Понаблюдайте за процессом конвертации в top, если возможно.