Почему ImageMagick svg в png отдает белый холст?

Вот примерно так должен был быть задан вопрос:)
В такой ситуации похоже, что в какой-то из библиотек CentOS, используемых IM (ldd), есть глюк. Возможно это Cairo. Если будете пересобирать библиотеки не забудьте при помощи ldd проверить, с какими библиотеками линкуется IM.

Как определить, какой процесс грузит vds?

Нет, Oprofile только даст преимущество в том, что не нужно сидеть и караулить top-ом необходимый процесс. Чтобы понять, какой запрос повалил базу данных, в mysql есть режим логирования "долгих" запросов - попробуйте его: dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/slow-query-log.html

Bash - for и find

Ну а чтобы не было отказано в доступе - вывод ошибок в dev/null: find ... 2> /dev/null

Какой может быть максимальный размер двусвязного списка в С?

Без учёта выравнивания и накладных расходов аллокатора памяти, конечно.