На мой взгляд, есть вероятность, что Google Analytics:
1. Не учитывает тех у кого отключён JS или заблокирован их сервис или были ошибки JS (Насчёт последнего не уверен)
2. По каким-либо своим данным, узнаёт тех, кто сменил IP (хотя, должно бы учитывать тех, кто на одном IP)
3. Учитывает минимальное время посещения (если сразу закрыли, то вроде посещение не учитывается — надеюсь, если что — меня поправят).
4. Исключает ботов (из-за п.1)
5. Похож на п.1 и п.3 — скрипт не успел загрузиться.