RGBA8888

будет трудно найти того, кто будет это настраивать и поддерживать

все ваши проблемы от сюда. Либо ищите готового специалиста, либо выращивайте своего

Контейнеризация это форма изоляции, переносит проблему коллективной работы с локальными ресурсами на работу с сетевыми, где из коробки больше механизмов ограничения доступа (но не квот на объем доступных ресурсов). Плюс она не бесплатна и часто добавляет накладных расходов на работу с диском и геморой к примеру при работе с gpu, я молчу про желание самих клиентов работать со своими контейнерами, получается каскадирование (контейнер в контейнере) - что еще сильнее добавляет нагрузку на процессор.

Самая большая проблема у вас это не борьба со злоумышленниками, с ними вы без специалиста никак не справитесь (контейнеры только уменьшат вероятность их появления), а учет ресурсов. Вам нужно уметь выставлять квоты на время, процессор, gpu, диск... все это доступно из коробки в linux но без красивого GUI все нужно изучать самостоятельно.

Настоятельно рекомендую организовывать работу с пользователями linux, все инструменты настроены именно на это, а контейнеризация перенесет все под одну гребенку и усложнит.

lxd контейнеры
ставится и настраивается в 2 клика, запускаете каждому свой контейнер и пусть там развлекается
ну и ssh каждому прокинуть в нужный контейнер

Нужно пойти от проблемы. Собственно я здесь никакой проблемы не вижу. Давайте доступ. Пускай студенты
рисуют почасовой план использования этого ресурса. Например Студент №1 с 10:00 до 12:00 по понедельникам.
Следующий... и так далее. Сами следят и самоорганизуются.

Проблема может быть в безопасности. Студенты могут хулиганить. И проблема может быть в накладках
графика использования. Например кто-то в пятницу запустил расчет и в ПН этот расчет еще не закончился.
Что делать? Убивать процесс пятничного студента?

Тут вобщем больше я вижу организационных вопросов чем технических. Вы сначала разработайте цели.
А уже от целей можно пойти к планировщикам.