Вопрос закрываю. Оказалось новый сервер у другого хостера, а мне никто не сообщил - соответственно на внешку хранилище медленнее. Переписал скрипт бэкапа, чтобы формировало бэкап локально и только потом копировало - проблема снята.
Все, разобрался. Причиной оказалась таблица order, название которой совпадает с оператором MySQL и то что я не брал в косые кавычки названия таблиц в скрипте восстановления.
