Вероятно была подмена системных файлов. Например, в Windows XP некоторые вирусы заменяют userinit.exe, explorer.exe, либо меняют shell на свой. Если вирус «кривой», то описываемый Вами симптом может иметь место. В таких случаях я загружался с линуксового live cd, сравнивал данные файлы и прочие подозрительные с такими же, взятые с незараженного компьютера.
