Разница в диапазоне частот, которые они пропускают.
WiFi-антенны пропускают 2.3-2.4 ГГц, WiMAX'овые — 2.5-2.7 ГГц.
Есть антенны, которые пропускают широкий диапазон, включая и WiFi'ные частоты, и WiMAX'овые, но они как правило не айс работают.
По опыту использования — какая-то WiFi-антенна работала с WiMAX-модемом, но только примерно в одном случае из трёх. Дело в том, что во время подключения к базовке модему выделяют диапазон частот. Если этот диапазон в начале WiMAX'овского — эта антенна работала, если хотя бы в середине — всё, было только хуже от неё.