На то верстальщики и есть :)
Если верстальщик захочет, он напишет на Bootstrap любой макет :)
Просто возьмите Bootstrap за основу, создайте свой кастомный файл стилей и переписывайте нужные Вам классы. По моему это очевидно. Можно, конечно, через свои классы все делать, но тут кому как удобно.
Сетка полезная штука, только будьте готовы повоевать с ней, если что ;D Но экономит очень много времени. Если следовать четким правилам сетки, то проблем не будет в будущем.
Кастомайзер работает и очень даже отлично. Кто-то его использует, кто-то нет. Но задачу он свою выполняет - упрощает жизнь.
Можно еще установить bootstrap и просто использовать его в качестве helper classes, если вы не щадите трафик пользователей и время загрузки сайта :P
Скажу из личного опыта:
К сожалению, у меня не было макета заточенного четко под какой-то фреймворк и тем более bootstrap. И скорей всего не будет. Для меня это вообще не важно. Важно только одно - чтобы в макете была хотя бы какая-нибудь сетка, иначе это полный ад.
Используйте bootstrap на полную и войдете во вкус и не почувствуете никаких границ в виде сеток и тому подобное, все что вам не нравиться - вы можете в любой момент переписать :)