Дело в том, что Wordpress создает через свою функцию новое меню
https://developer.wordpress.org/reference/function...
почитай это, потом посмотри как выглядит меню который создает wordpress и уже после этого поменяй свои стили, чтобы они соответствовали классам который создат wordpress.
также можешь добавлять контейнеры для меню и давать им классы через эту же функцию в аргументах.
