Power

Если в конфиге написано ssl_protocols TLSv1 TLSv1.1 TLSv1.2;, то ssl3 отключен. Точка.

Скорее всего, вы просто не перезагрузили конфиг (sudo service nginx reload). А если перезагрузили, то, наверное, в конфиге есть ошибки и он не применился (проверка: sudo service nginx configtest).

Ещё вариант: вы неправильно проверяете. Покажите, что именно выводит команда
openssl s_client -connect ... -ssl3

а) кешируйте главную страницу
б) отсеивайте на nginx запросы с пустым user-agent

Если совсем нечего делать, можно организовать honeypot.

Попробуйте посмотреть, какие заголовки приходят и в какой кодировке результат, сделав запрос:
1) к nginx-у прямо с сервера, где стоит nginx;
2) напрямую к бэкэнду с сервера, где стоит nginx.
Как-то так:

curl -sS --include --location --output result.html 'http://domain.com/'

Тогда вы сможете определить, кто виноват: бэкэнд, nginx или кто-то третий (прокси между nginx-ом и вашим браузером).

Читайте error.log - наверняка нет доступа к какой-то папке.

Клиент, с помощью которого вы проверяете, точно отправляет заголовок Accept-Encoding: gzip ? На toster.ru у вас сжатие есть?
Возможно, этот заголовок кто-то вырезает, например, в стародавние времена outpost firewall так делал.

Насколько я понимаю, cpu не при чём. На последнем графике явно виден пик iowait, значит, вам надо смотреть в сторону дисковой активности и всего такого. Настройте мониторинг IO, там будет понятно.

А в чём проблема? Читайте документацию: location, try_files, rewrite, ... И составляйте свою конфигурацию. Лучше не искать готовую в сети, т.к. полно примеров с ошибками.

Вроде, правильно так (это для m.domain.ru):

location / {
  proxy_pass http://localhost:8080/m/;
  ...
}

location /public/mobile/ {
  proxy_pass http://localhost:8080;
  ...
}