Вопрос определенно к SEO спецу.
Как на мой взгляд, зависит от задач самого сайта.
С алиасами больше мороки (ну мне во всяяком случае).
В случае организации через подразделы:
Лично я всегда делаю основной язык без подраздела, но это больше в силу привычки. С другой стороны, а в друг вы захотите поменять основной язык или они у вас равноценны... ну два гос языка мало ли. В таком случае лучше все языки делать в подразделах. Ну чисто логически.
А поисковику (не сеошник, личное мнение маленького человека) - "лишь бы вкусно покормили". Ссылки разные, контент "разный", канонические юрлы проставлены, редиректы есть, условия ясны, теги и прочая лабуда имеется. Входящие ссылки на лице! "Чего ж тебе еще надо, собака?" Скажет любой поисковик))
