Есть разница между чистым PHP и спагетти кодом.
Если Вы сделаете качественную кодовую базу, которая будет написана с грамотным использованием шаблонов проектирования, будет читаема и отвечать максимальному числу PSR - пишите сами, однако, в таком случае Вы напишите процентов 70 от того же фреймворка.
Возможно, Вам стоит задуматься о использовании компонентов Symphony, если Вам так критично уменьшить число прослоек.
Если же, тут дело в том, что просто не знаете фреймворк - рекомендую освоить. Очень многое может разложить по полочкам в голове и ускорить в последующем разработку приложений.
