Это очень плохая идея - "много файлов в 1 каталоге", независимо от того, на чем они лежат. Частично это может компенсировать файловая система - но на винде выбор "костылей" отсутствует.
Плохая она по ряду причин - начиная от того, что сам список файлов ("таблица расположения файлов" и её аналоги) оказывается размазана по куче секторов диска, расположенных не подряд (и SSD тут выдаст уже не сотни-тысячи МБ/с), и заканчивая "адом" в случае повреждения данных.
Разложить в папки с тегами - на какое-то время облегчит жизнь, но коллекция-то растёт?
Обычно эту проблему решают создавая вложенные каталоги и обеспечивая равномерное распределение по ним:
/V/A/S/VASYA_na_prirode.jpg , стараясь чтоб мета-данные каталога хранились в 1 кластере ФС.
Как легко заметить - может "не очень" работать, если на 100500 фоток - "вася ...". Поэтому лучше, когда сайт, БД, и файлы на диске обозваны контрольными суммами, например - их можно считать "случайными данными с равномерным распраделением". Конечно, нужно учитывать вероятность совпадения КС при добавлении файлов - зато дубликаты так тоже легко найдутся и целостность контролировать просто.