Погуглите Axure. Это программа как раз для прототипирования сайтов и приложений (в том числе интерактивных, с нажимающимися кнопками, всплывающими окнами и тд.). делайте прототип в ней. (или в подобный программах).
Прототип это не работающий продукт. Прототип может быть как статичным (даже нарисованным на бумаге) так и интерактивным (в том числе и html документом (но это не конечная верстка))
Верстка - это не прототип, так как она создается по готовому дизайну. Дизайн следуют за этапом прототипирования.
