Как в Asterisk-е в одну нумерацию Атс и sip номера?

В последнем шаге опечатка. Копипастеры- внимательнее.

Asterisk 12 ODBC баг или кривые руки?

У меня 12.5.0 отлично работает со всеми запросами. только с MarisDB косяк есть небольшой, но это не критично. Скорее всего у вас где то неправильно настроена кодировка. Например в res_config_mysql.conf

dbcharset = latin1

Стоит ли изучить Asterisk?

Сами протоколы как раз таки вполне себе легкие, главное читать про них.
Астериск действительно не сложен, но он очень гибок и многие эту гибкость путают со сложностью.

Как передать сигнал "Занято" при разговоре абонента в asterisk?

GotoIF($[${DIALSTAUS}=BUSY]?do_something_if_busy:do_something_if_another_dialstatus)

Ну и собственно в метках обрабатываете то что делать и как делать.

Подскажите про Asterisk GUI + Asterisk

Проблема GUI не в том что он самодостаточен. Проблема в том что там очень многое построено на костылях. При чем на таких костылях, без которых вполне можно обойтись, и это очень большое неудобство в работе. GUI хорошо, когда надо быстро и стандартно. а если надо что то менять- то лучше от него отказываться, так как проблема интеграции чего то нового усложняется в разы,а иногда оказывается вообще не выполнимой из за надстроек.