Руслан

И вот на днях сервер стал сильно подвисать, я вот полагаю что это из-за этого. Возможно ли такое??

Что стал подвисать - возможно.
Из за настройки прав - нет.

И вот еще вопрос как можно организовать процесс распределения прав на каталоги для пользователей более грамотно???

Чтобы ответить на этот вопрос нужно как минимум знать как у вас организовано сейчас.

И вот на днях сервер стал сильно подвисать

Проверьте счетчики производительности в системном мониторе, администрирование, панель управления (может проблемы с HDD, очереди обращения к дискам)

И вот еще вопрос как можно организовать процесс распределения прав на каталоги для пользователей более грамотно???

Возможно это то что вам нужно.