Евгений Ерко

Вам магический геттер не нужен, о слова "совсем". Под приватные свойства сделайте геттеры, это вам здорово облегчит жизнь. Да и костыли с док блоками городить не придется.
Рекомендую почитать про SOLID, ваш Base - это божественный объект.
Так же очень настоятельно рекомендую почитать про PSR-4, сейчас никто не пишет свои автолодеры.

На счет dock block property, он объявляется:

/**
 * @property TYPE_HERE VAR_NAME_HERE [DESCRIPTION]
 */

П.С. Код не мой, переписать не хочется, так как есть много проектов на этом движке.

Если есть возможность выбросить этот движок - делайте поскорее, иначе технический долг будет только возрастать, а код очень скоро станет не саппортабельным

/**
 * Class Base
 * @property Config $config
 * @property Request $request
 * @property Database $db
 */

Либо я совершенно не понял, что вы спрашиваете.

Систему и все основные службы на SSD
OS+LAMP+ISP
Samba, и swap, бекапы на HDD.

Распределяя важные разделы на 2 диска, надежность сервера упадет в 2 раза.
Без самбы и свапа в вашем случае сервер сможет запустится.и продолжать работу 24/7 и предоставлять доступ к LAMP и ISP.

Я бы на вашем месте сделал бы KVM и контейнер под настроенную систему. 30-50Gb на SSD. и этот контейнер уже бекапил. Скорость восстановления из контейнера будет выше в случае хардовой проблемы.
Да и в будущем можно еще пару виртуалок поднять, хоть на ssd, хоть на HDD.