OlyaSoz

не использовать prompt (если это реальный проект для реальных людей)
не использовать '+' для конвертации (если нет цели выпендриться знанием корявостей JS)
убрать взаимодействие с пользователем в конструкторе и сделать отдельный метод. (если это реальный проект для реальных людей)
заменить this.toppings на const toppings
дать array осмысленное имя.
Убрать класс вообще (опционально, если этот код именно в таком виде и используется)
console.log в последней строке бессмысленнен. Либо возвращайте значение из функции, либо вызывайте ее просто так.

Остальное - вкусовщина.

class Pizza {
    constructor() {
        this.crust = prompt('Choose your crust: ');
        this.toppingsCount = +prompt('How many toppings do you want?') || 0;
        this.toppings = [];
    }

    makeToppings() {
        const {toppings, toppingsCount} = this;
        for(let i = toppingsCount; i--;) {
            toppings.push(prompt('Choose your topping: '));
        }
    }

    makePizza() {
        const {crust, toppings} = this;
        return `Your order is done! You choose ${crust} crust with these toppings: ${toppings.length ? toppings.join(', ') : 'nothing'}`;
    }
}

let personalPizza = new Pizza();
personalPizza.makeTopping();
console.log(personalPizza.makePizza());

class Pizza {
    constructor() {
        this.crust = prompt('Choose your crust: ');
        this.array = new Array(+prompt('How many toppings do you want?')).fill(0);
    }

    makeTopping() {
        this.array = this.array.map(function (t) { return prompt('Choose your topping: ') })
    }

    makePizza() {
        return `Your order is done! You choose ${this.crust} crust with these toppings: ${this.array.join(', ')}`
    }
}

let personalPizza = new Pizza();
personalPizza.makeTopping();
alert(personalPizza.makePizza());

Только не innerText, а textContent