Как вариант сделать так:
<span class="minicart-number mn-<?php echo yith_wcwl_count_products(); ?>"><?php echo yith_wcwl_count_products(); ?></span>
И создать класс:
span.mn-0 {
color: ...;
}
с отдельным цветом для нуля, можно будет сделать еще классы для 1, 2 а в minicart-number будет цвет по-умолчанию.
