В Python обращаться к элементам массива по индексам без необходимости - дурной тон.
matrix = [[1, 2, 3], [4, 5, 6]]
for row in matrix:
for item in row:
print(item, end=' ')
print()
Или ещё короче:
for row in matrix:
print(*row)
Если необходимы индексы - есть enumerate(). Ещё можно посмотреть в сторону модуля pprint.
