Ocelot

system("gcc \"C:/Folder/My Folder/example.c\"" );

На усмотрение компилятора. Можно явно указать ему, как размещать структуру в памяти, при помощи #pragma pack, но это на крайний случай. Представление структуры в виде массива (например, чтобы передать её куда-нибудь побайтно) называется сериализация. Обратная операция - десериализация.

Попробуйте так:

const unsigned long F_cpu = 16000000UL;
const unsigned long Prescaler = 1024UL;
unsigned int cnt = seconds * F_cpu / Prescaler;
if (cnt > 65535)   cnt = 65535;

Нужно сначала понять, что вообще у вас происходит.
1) Slave принимает фрейм? Поднимите на контроллере отладочный UART и шлите в него всё, что принято по RS-485. Все ок? Едем дальше.
2) Slave передает ответ? Подключите к линии RS-485 отдельный адаптер и посмотрите через терминал, что там вообще передается. Посмотрите осциллографом, что творится на выводах UART контроллера. Проверьте, что пин RTS действительно работает. Нет осциллографа - хотя бы светодиоды воткните, будет видно, тишина там или какие-то шевеления.
3) На физическом уровне все хорошо, но MODBUS все равно дает отлуп по таймауту? HEX-редактор в зубы, и изучайте перехваченные фреймы. Ответ формируется корректно? Размер поля данных соответствует заголовку? Контрольная сумма правильно считается?

Файл port.h (он свой для каждой архитектуры), в нем что-нибудь вроде

#define RTS_PIN         PD2
#define RTS_DDR         DDRD
#define RTS_PORT        PORTD

Массив байт можно считывать через очереди или через файлы (команды Modbus 0x18 и 0x14). Ни то, ни другое freemodbus не умеет. Вижу два решения:
1. Дописать поверх библиотеки расширение для FIFO.
2. Передавать массив через функцию "Read Input Registers (0x04)"

Какой предполагается размер массива и известен ли он в момент запроса?