Заэкранировать кавыки.
system("gcc \"C:/Folder/My Folder/example.c\"" );
Точно так же экранируется и обратный слэш, если вдруг потребуется.
system("gcc \"C:\\Folder\\My Folder\\example.c\"" );
Экранирование символов — механизм, имеющийся в текстовых языках и протоколах. Он служит, чтобы символы, которые считаются служебными и имеют особое значение, этого значения лишить и объявить «просто символами». Нам нужно двойное экранирование: для ОС (строка с пробелами закавычивается) и для Си (перед кавычкой слэш).