Формально у Вас недоопределенная (количество переменных больше чем количество уравнений) система целочисленных линейных уравнений, которую необходимо решить в неотрицательных целых числах:
x - кол-во списаний по правилу SKU-1+SKU-2
y - кол-во списаний по правилу SKU-2+SKU-3
z - кол-во списаний по правилу SKU-1+SKU-3
t - кол-во списаний по правилу SKU-2+SKU-2
SKU-1: 1*x + 0*y + 1*z + 0*t = 5
SKU-2: 1*x + 1*y + 0*z + 2*t = 5
SKU-3: 0*x + 1*y + 1*z + 0*t = 0
Готового алгоритма для общего случая не подскажу.
Из-за того, что система недоопределенная она может иметь несколько решений, и поиск одного из них обычно ведется каким-либо поиском с постепенной фиксацией значений переменных.
P.S. Не увидел абзац про условия (по 2 раза) - т.е. дополняем уравнениями:
x + y + z = 2
t = 2
и конкретно в Вашем случае система становится полностью определенной и не имеющей решения в неотрицательных числах (из-за того, что SKU-3 было 0, а значит y=0 и z=0). :-(