Если нужно что бы работало на самом сервере, то тебе нужен
VNC или
x2go. Рабочий стол работает удаленно без всяких графических карт. А уж чем ты будешь автоматизировать действия внутри него — твое дело, думаю можно найти и готовые кликеры, можно написать свой.