Получается запросы к битриксу идут но данные не попадают в бд и как следствие не отображаются.
Это проблема вашего приложения. Возможно оно запрашивает определенное количество данных и следит за ним и попросту не способно вытягивать все данные. Например там один батч-запрос на 2500 сделок или оно не предназначено для работы с лимитами. В любом случае только анализ вашего приложения может дать какое-то вменяемое решение, так как проблема в нем.
