Nik05

Бесплатных решений для бэкапа не бывает. Либо они требуют чудовищных настроек, потому что слабаны на коленке. Бесплатных решений для эксча не может быть по определению того факта, что эксч - почтовая система крупной организации, у которой есть денег на лицензию (а она недешева + лицензии на ящики).
Хранение архивов на машинах юзеров - крайне неудачная идея, потому что машина юзера может выйти из строя в любой момент и это не должно быть аварийным событием.

имеются пользователи с архивами почтовых ящиков

- Это, скорее всего, копии пользовательских почтовых ящиков на определенный момент времени, сохраненные в PST. Или нет? Какого возраста сообщения там хранятся и насколько они актуальны для ваших бизнес-пользователей?

Нужно каким-то образом собирать все эти почтовые архивы в одном месте для дальнейшего бэкапирования

- С точки зрения резервного копирования - это обычные файлы, которые можно бэкапить хоть с помощью Windows Server Backup
Теперь вопросы к Вам:
1. У Вас почтовые БД Exchange Server каким образом бэкапируются?
2. Можно на почтовых БД отключить очистку удаленных сообщений при создании резервной копии...
3. Еще можно подумать в такую сторону: в Exchange Server каждый почтовый ящик имеет встроенный архивный почтовый ящик, куда при включенных и настроенных политиках архивирования перемещаются сообщения. Соответственно, эти архивные почтовые ящики можно переместить в отдельную БД и не занимать основную БД...