NewSantaClaus

Боты проверяют ваш сайт на наличие уязвимости. Они так постоянно делают - сканируют найденные в сети сайты, где-нибудь да найдут что-то полезное для себя.

Стандартный интернетный шум - краулеры, сканеры уязвимостей...

Делать в общем случае ничего не нужно, кроме ситуаций, когда целенаправленно долбят однотипными запросами - тогда можно настроить блокировку по IP-адресам, например, с помощью fail2ban и т. п.

Попытки запустить отладку.
Попытки совершить инъекцию кода.
Попытки взлома в общем.

Очевидно, у вас несколько версий php установленно одновременно, и сервер использует версию отличную от той, что у вас в консоли.
Команда php -i выдаст вам консольный аналог phpinfo, где можно посмотреть путь к php.ini
также могут помочь команды типа whereis php или which php, или константа PHP_BINARY (в консоли php -r "echo PHP_BINARY;") .
Скорее всего они выдадут /usr/bin/php

Затем в конфиге nginx укажите тот-же бинарник, который используется в cli.