Прежде чем писать приложения\делать сайт, нужно сначала определиться что именно это за приложение и какие именно данные в нем нужно защищать, затем имея уже подобие контекста можно думать о структуре\архитектуре, выбирать БД и т.п. Для абстрактного коня в вакууме подобные вопросы не имеет смысла. Для каждой задачи свои инструменты и если использовать неправильные на позднем этапе проекта в поймете, что забивать шурупы молотком плохая идея и придется все переделывать. Поэтому сначала определитесь, что именно вы хоте создать.
И по сути вопроса, чем ниже уровень абстракции в разработке и ниже уровень программиста, тем большая вероятность наделать дыр, которые могут использоваться во вред сайту\приложению, поэтому создавать приложение на html\js\php и подобном без опыта это равносильно тому, что вы просто расшарите свои данные в общем доступе.