Это связано с размером самого холста. Фотошоп сохраняет весь холст. Проверить размер можете в панели "Изображение" -> "Размер холста" - это и будет ваша сохраняемая область. То есть, весь холст необходимо уменьшить до размера вашего изображения (например, с помощью инструмента "Рамка"(С) ).
