Я вижу тут несколько ошибок. Как выше уже отметили, не надо было открывать индексацию, пока сайт забит не пойми чем. Думаю из за этого сайт стал неинтересен гуглу, поэтому он и перестал индексировать новые страницы. У нас на одном из сайтов была такая проблема. Сделали полное обновление контента и заголовков, плюс подключили
speedyindexbot и через неделю все страницы были уже в индексе. Советую тоже попробовать сделать так же, возможно поможет.