если установить сторонний фаерволл, например Comodo Internet Security, то служба брандмауэра Windows не отключается, а продолжает работать, получается на компьютере работают 2 фаерволла?
Нет, окончательное действие будет за COMODO Firewall, т.е. по его правилам, вне зависимости от того какие правила в брандмауэре Windows. Брандмауэр можно отключить, почитайте об этом на официальном форуме COMODO.